El aeropuerto fue originalmente llamado Fresno Air Terminal. En 1988 la FAA (Asociación Federal de Aviación) designó el aeropuerto como un Punto de Entrada Internacional, haciéndolo elegible para vuelos internacionales. En 1995, el nombre fue cambiado para atraer visitantes fuera del estado relacionándolo con el parque nacional de Yosemite. Desde que se abrió, el aeropuerto ha pasado por muchas renovaciones y expansiones. En 2002, se construyó una nueva terminal de dos pisos y en 2006, un nuevo edificio de Inspecciones Federales (FIS) para que vuelos internacionales puedan llegar directamente a Fresno. Desde 2005, se encuentra en proceso de cambiar el código de aeropuerto de FAT a FYI. Fresno también sirvió como jefatura de al menos dos aerolíneas. Desde el 1996-1998 Air 21 voló aviones Fokker F28 a diferentes destinos; lo más al este que volaba la aerolínea fue a Colorado Springs y lo más al oeste, San Francisco. Allegiant Air también llamó al aeropuerto de Fresno hogar, pero se movió a las jefaturas de Las Vegas. Durante los años 80, era común ver aviones de pasajeros grandes llegar y salir de Fresno, pero en 1990 hubo un cambio y la mayoría de aviones grandes fueron remplazados por aviones pequeños de vuelos regionales. Además de los MD80 que dan servicio a Dallas de American Airlines, se están haciendo regresar los aviones grandes a Fresno. Mexicana, Frontier, y US Airways operan en aviones Airbus.