El aeropuerto fue abierto al tráfico civil en 1964. El aeropuerto de Cracovia es el segundo aeropuerto del país en movimientos, solo por detrás del Aeropuerto de Varsovia-Frederic Chopin. El aeropuerto cuenta con buenas perspectivas de crecimiento, gracias a las, al menos, 8 millones de personas que viven en 100 kilómetros a la redonda. El aeropuerto goza además de una ubicación privilegiada en la red de autovías existentes y futuras en esta región de Polonia, pero se deja notar la competencia con el cercano Aeropuerto Internacional de Katowice en Pyrzowice así como otros aeropuertos polacos cercanos. En 1995 el aeropuerto cambió su nombre de Aeropuerto de Cracovia-Balice al de Aeropuerto Internacional Juan Pablo II Cracovia-Balice, en honor al Papa Juan Pablo II que pasó muchos años de su vida en Cracovia. Por cuestiones publicitarias, el nombre oficial fue recortado el 4 de septiembre de 2007 al de Aeropuerto de Cracovia-Juan Pablo II. En 2003, cuando la compañía irlandesa de bajo coste Ryanair mostró interés en comenzar a operar desde el aeropuerto internacional Juan Pablo II, los directivos del aeropuerto rechazaron reducir las tasas. Por el contrario, las autoridades regionales de Cracovia y la inversora Lesser Poland Voivodeship decidieron construir un aeropuerto cerca del ya existente, usando la infraestructura de la base aérea militar adyacente con una pista ya delimitada. Finalmente se alcanzó un acuerdo, y el aeropuerto fue abierto para que Ryanair así como otras…