El aeropuerto abrió por primera vez en marzo de 1939. Entonces no era más que un pedazo de tierra agrícola. El primer avión (un Junkers Ju-52) trajo a los primeros pasajeros. Durante la Segunda Guerra Mundial, las operaciones cesaron, pero en el otoño de 1946 el tráfico regresó con la introducción de los aviones Douglas DC-3.​ En un primer momento, el aeropuerto sólo ofrecía un servicio muy básico, con unas instalaciones primitivas, en forma de tres tiendas de campaña, con humo para determinar la velocidad del viento y lámparas para la iluminación de la pista durante tormentas. En 1947, se construyó la primera (pequeña) terminal. Hellenic Airlines inició los vuelos comerciales en 1948. En ese momento, se transportaron un total de 4.000 personas. En el año 1953 se construyó una pista pavimentada que inicialmente era de 1850 metros de largo y orientada como 09/27. El próximo evento importante sucedió en 1954, cuando un avión cuatrimotor DC-4 aterrizó por primera vez en el aeropuerto. En ese año, el tráfico del aeropuerto ascendió a 18.000 pasajeros. De 1957 en adelante, Olympic Airways empezó a utilizar el aeropuerto, comenzando los servicios con la aeronave DC-6. De 1968 a 1971, se amplía la pista de 2.680 metros y se construyó una nueva terminal y otras instalaciones, consiguiendo con ello un nuevo aeropuerto. El 18 de marzo de 1971, British Airways operó el primer vuelo chárter desde el extranjero. El nuevo aeropuerto en sí fue inaugurado oficialmente el 5 de mayo de…