La necesidad de un aeropuerto en Sarajevo se sintió con fuerza a mediados de la década de 1960, y después de que las sugerencias de que el aeropuerto fuera construido en Sokolac (a unos 35 km de Sarajevo) fueran finalmente rechazadas, se inició la construcción del aeropuerto en 1966 en su ubicación actual. El Aeropuerto de Ilidža fue inaugurado el 2 de junio de 1969. En el año 1970, el Aeropuerto Internacional de Fráncfort se convirtió en el primer destino internacional. Durante este período todavía era un aeropuerto secundario que estaba comunicado con los aeropuertos de Zagreb y Belgrado, para los viajes hacia otros destinos internacionales. En este período entre 70 y 100 mil pasajeros circularon por el aeropuerto cada año. La primera expansión tuvo lugar para los Juegos Olímpicos de Sarajevo 1984, cuando la pista fue extendida 200 m además de realizarse otras remodelaciones. Durante las primeras semanas de la Guerra de Bosnia, y durante el sitio de Sarajevo, el aeropuerto fue ocupado por las fuerzas serbias, que provocaron daños importantes en el mismo.​ Desde junio de 1992 hasta el fin de la guerra, el aeropuerto estuvo bajo el control de la Organización de las Naciones Unidas, que lo utilizó para hacer llegar ayuda humanitaria cuando el bloqueo serbio lo permitía.​ Este aeropuerto fue escenario de varias tragedias durante la guerra debido a que la única manera de abandonar la ciudad era cruzar la pista para pasar al otro lado. Cerca de 800 personas fueron asesinadas…