El 31 de octubre de 1929, se realizó un vuelo entre Comodoro Rivadavia y Bahía Blanca, con escalas en Trelew y San Antonio Oeste. Al día siguiente, la empresa Aeroposta Argentina S.A. inauguró sus vuelos regulares a la ciudad, con la ruta Buenos Aires - Comodoro Rivadavia y posteriormente hacia Río Grande. En el año 1945, con la creación de la Fuerza Aérea Argentina, se completaron todas las actividades tendientes a hacer del vuelo comercial una actividad segura y redituable. En 1947 se estableció como una de las principales bases aeronavales de la Armada Argentina, donde se concentran los medios de exploración y vigilancia marítima norpatgonica. En la década de 1970 el edificio donde funcionaba la terminal aérea fue donde se refugiaron las víctimas de la masacre de Trelew, hoy en día es el Centro Cultural por la Memoria que recuerda el asesinato de presos políticos peronistas y de izquierda durante el terrorismo de Estado. En el año 1979, el aeropuerto se trasladó a su ubicación actual, en el predio de la Base Aeronaval Almirante Zar. El 20 de septiembre de 1989 un Lockheed L-188 Electra (6-P-101) de la Armada Argentina con 23 tripulantes a bordo, se accidentó al intentar aterrizar cerca del mediodía, dejando como saldo algunos heridos.​​ Hasta 2006 fue un hub secundario de la desaparecida aerolínea CATA Línea Aérea. En el 2009, se realizaron obras de ampliación y remodelación para declararlo como aeropuerto internacional. Ese mismo año, surgió un proyecto para que la…