El Aeropuerto Nacional Ingeniero Fernando Espinosa Gutiérrez, inició sus actividades en 1955 como un aeródromo civil, en 1986 el Gobierno del Estado decide ampliarlo y otorgar la concesión para su explotación al organismo paraestatal: Aeropuertos y Servicios Auxiliares. En 1992 ya contaba con una pista de aterrizaje de 1900 m (metros) de largo y 30 m de ancho, así como una plataforma de aviación de 200 m × 75 m (15 000 m²) con edificio terminal y hangares. En ese mismo año comienzan los vuelos comerciales de itinerario fijo con las líneas Aerolitoral y Taesa; para 1993 se incorpora Aeromar con vuelos regulares y por último, en 1997 se declaró Aeropuerto Internacional, llegando en 2003 a 110 000 pasajeros y 11 000 operaciones.

Los preparativos y estudios para la construcción del nuevo Aeropuerto Intercontinental de Querétaro comenzaron en 1999, y el 12 de julio de 2002 se puso en marcha el proceso de construcción. El AIQ inició sus operaciones el 28 de noviembre de 2004, sustituyendo las que se realizaban en el Aeropuerto Ing. Fernando Espinosa Gutiérrez en la capital del estado. Esta nueva terminal atrajo las operaciones comerciales, privadas y de carga, así como parte de su equipo y recursos humanos.