El aeropuerto se construyó en los años 20 y empezó operaciones en 1929, cuando los primeros Fokker C-4 empezaron a volar regularmente hacia Novosibirsk e Irkutsk. En 1934 la autoridad de aviación civil de la URSS reabrió el aeropuerto, que había estado cerrado desde 1931, y lo preparó para empezar a recibir vuelos nuevamente. Durante la II Guerra Mundial, el aeropuerto sirvió como base de reparación para los bombarderos soviéticos que defendían le región. Tras la guerra se construyó un complejo hotelero en las cercanías del aeropuerto, y a principios de los años 50 se construyó una nueva terminal, con la capacidad de atender a los nuevos aviones Tu-104. Durante los años 60 el aeropuerto se convirtió en un aeropuerto exclusivamente civil, y por esto fue necesaria la inauguración de una nueva pista, lo cual se haría en 1965. En 1972 se amplió la terminal del aeropuerto y se creó Aeroflot-Omsk, una división de Aeroflot para satisfacer la demanda en la región, esta división operaba aviones Antonov An-24 y Tupolev Tu-154. A finales los años 80 el aeropuerto alcanzó su pico de operaciones, llegando a tener 100 vuelos por día, esto debido a las reformas que se llevaron a cabo en la URSS, las cuales otorgaban más libertad a los ciudadanos, y por esto la gente se movía hacia las ciudades limítrofes para cruzar hacia los países occidentales. Tras la caída de la URSS, en 1997 se inauguró una terminal internacional en el aeropuerto. En 2001 se instalaron en el aeropuerto nuevos…