En 1936 se funda el Aero Club Neuquén y este construye una pista de aterrizaje de tierra apisonada. En 1951 en el marco del Primer Plan Quinquenal con el objetivo de convertir a la Argentina en país pionero en el transporte aerocomercial en América Latina fue convertido en aeropuerto pavimentándose sus pistas e incorporando señalética, torre de control e instalaciones para los pasajeros.​ En 1959, se expropian los terrenos del aeroclub y otros lotes aledaños, para construir un Aeropuerto Internacional con su nueva pista. El primer edificio y torre se habilitan en 1960. En 1974, año de la muerte de Juan Domingo Perón, se le asigna la denominación de “Presidente Perón”.​​ En 2013 se invirtió en el reacondicionamiento aeroportuario, gracias a ello los vuelos se incrementarán de 4 a 10 por día para atender la demanda que genera el crecimiento turístico y la inversión petrolera. Además, la provincia invirtió 2,3 millones de pesos en la torre de control, sanitarios y sala de pre-embarque.​ En 2019 se inaugura la ampliación y readecuación del aeropuerto. Esta consistió en que la planta alta pueda ser utilizada como sala de preembarque, con unas dimensiones aproximadas de 1.500 metros cuadrados para el sector doméstico, 630 metros cuadrados para operaciones internacionales. También incluye nuevo sector para la Policía de Seguridad Aeroportuaria de 200 metros cuadrados, dos locales comerciales de 80 metros cuadrados cada uno y sanitarios por un total de 140 metros cuadrados,…