En el año 1948, durante el primer gobierno de Juan Domingo Perón el Comando en Jefe de la Aeronáutica Argentina, vio la incipiente actividad aérea en Mar del Plata y entonces decide enviar el primer grupo de hombres que, compartiendo las instalaciones con el Aero Club Mar del Plata, formarían la Base Aérea Militar Mar del Plata y el actual aeropuerto. El 15 de febrero de 1952, por Decreto Ley n.º 3114 del Poder Ejecutivo Nacional, se creó el Destacamento Aeronáutico Mar del Plata. El edificio terminal actual se construyó en 1978, con motivo de celebrarse la Copa Mundial de Fútbol. En 1994, también debido a un evento deportivo como fueron los Juegos Panamericanos de 1995, se realizó una ampliación de la terminal y con esto se obtuvo la superficie total que ocupa hoy en día. El 20 de octubre de 1998, la empresa Aeropuertos Argentina 2000 se hizo cargo de la concesión. Durante la Cumbre de las Américas con sede en la ciudad durante el mes de noviembre de 2005, y debido al arribo de importantes mandatarios en sus respectivos aviones presidenciales, el aeropuerto fue totalmente renovado y la pista fue ampliada para permitir el aterrizaje de aviones de gran porte, como así también sometida a un bacheo integral, y la terminal fue íntegramente renovada en un 80 por ciento.​ Actualmente se trabaja para ampliar sus instalaciones con la renovación y ampliación de la terminal de pasajeros..​