El aeropuerto se inauguró el 22 de agosto de 1955 y fue abierto oficialmente al tráfico aéreo tanto nacional como internacional de turismo el 29 de agosto de 1955. La compañía aérea Aviaco fue la primera en operar en el aeropuerto, a partir del 2 de septiembre de 1955. La pista originalmente medía 1200 metros y su orientación era 05/23. Esta orientación obligaba a los aviones a sobrevolar territorio francés, lo que produjo las protestas inmediatas por parte de este gobierno. Por otra parte, la falta de instalaciones del aeropuerto obligó a acondicionar como terminal de pasajeros una fábrica de conservas cercana. En julio de 1957, el encuentro entre las delegaciones española y francesa culminó en un acuerdo de límites para la explotación del aeropuerto. Este acuerdo, que entró en vigor en junio de 1959, permitió establecer las servidumbres aeronáuticas del aeropuerto pero impuso la prohibición de usar el aeropuerto por parte de los aviones a reacción. En julio de 1961, se concluyeron las obras de ampliación de la pista, que pasa a tener 1500 metros de longitud desde los 1200 iniciales. Entre 1964 y 1965, se amplió el aparcamiento de aviones, se construyó la torre de control y el aeropuerto recibió oficialmente el nombre actual (aeropuerto de San Sebastián). En 1967 comenzaron los trabajos para la construcción de la terminal de pasajeros, que se inauguró en 1968. En diciembre de 1969, el aeropuerto se cerró al tráfico para proceder a una nueva prolongación hasta los 1754…