Orígenes y primeras décadas

Tras varios intentos fallidos por parte de Avianca y, posteriormente, del entonces teniente Gustavo Rojas Pinilla, quien trabajaba en el departamento de Aeronáutica Civil del Ministerio de Guerra, los trabajos de construcción del aeropuerto se iniciaron en 1947. Gran parte de la financiación fue reunida por los propios habitantes de la región mediante una semana cívica organizada por la junta pro aeropuerto y el Club de Leones, lo que permitió su inauguración en 1948.​ En sus inicios contaba con una pista en tierra de 1.300 metros de longitud, la cual fue pavimentada y ampliada años más tarde a 1.900 metros. En el terminal operaron inicialmente aerolíneas como Aces (hasta su desaparición en 2003), SAM y Lansa, a las que posteriormente se sumó Avianca.

El aeropuerto fue objeto de nuevas obras a partir de 1973, las cuales fueron inauguradas en 1975.

Terremoto de 1999 y reconstrucción

El 25 de enero de 1999, el terremoto que sacudió al Eje Cafetero destruyó en buena parte la terminal de pasajeros y ocasionó daños importantes en la pista y otras instalaciones.​ A raíz de este hecho, se adelantó una reconstrucción y modernización integral del aeropuerto, que incluyó la ampliación de la pista hasta sus actuales 2.320 metros de longitud y 42 metros de ancho, así como la construcción de una nueva terminal.

Habilitación internacional y expansión de rutas

El 13 de marzo de 2009, la Aerocivil declaró formalmente el aeropuerto como terminal de carácter internacional,​ habilitándolo para operar vuelos internacionales regulares y chárter.​ En noviembre de 2007 había empezado a operar en el terminal la aerolínea de bajo costo colombiana EasyFly.

La aerolínea Spirit Airlines inició operaciones en este terminal con vuelos desde Fort Lauderdale el 13 de noviembre de 2009,​​ conectando el Eje Cafetero con el sur de la Florida. Sin embargo, el 2 de mayo de 2026, Spirit Airlines anunció el cese definitivo y ordenado de la totalidad de sus operaciones a nivel global, cancelando de forma inmediata todos sus vuelos.

Por su parte, Tiara Air inició vuelos el 25 de octubre de 2012; sin embargo, canceló sus operaciones en Armenia poco tiempo después debido a dificultades económicas propias de la empresa.

En marzo de 2015, la Aerocivil aprobó nuevas rutas aéreas para el Aeropuerto Internacional El Edén con dos aerolíneas: Air Panama y Viva Colombia. Air Panama inició operaciones el 1 de diciembre de 2015 con servicio a Ciudad de Panamá (Aeropuerto Marcos A. Gelabert), operando tres frecuencias semanales con equipo Fokker 100; no obstante, el 1 de febrero de 2018 cesó sus vuelos desde El Edén por razones administrativas internas de la compañía. El enlace con la capital panameña se restableció el 2 de diciembre de 2021 a través de Copa Airlines, ofreciendo a los usuarios del terminal la posibilidad de conectar con más de 60 destinos internacionales mediante el Hub de las Américas en el Aeropuerto Internacional de Tocumen.

Reactivación pospandemia y modernización reciente

Tras la crisis generada por la pandemia de COVID-19, el aeropuerto reactivó sus operaciones nacionales e internacionales en septiembre de 2020. Este proceso de recuperación impulsó la activación de nuevas frecuencias en las aerolíneas que operaban anteriormente y abrió la puerta a la llegada de nuevos operadores.

A mediados de 2021, LATAM anunció el reinicio de sus operaciones hacia Bogotá a partir del 16 de junio, con aeronaves Airbus A320. Por su parte, Viva Colombia obtuvo autorización para operar las rutas Medellín–Armenia–Medellín, Cartagena–Armenia–Cartagena y San Andrés–Armenia–San Andrés, las cuales comenzaron en marzo de 2022. En 2023, VivaAir canceló la totalidad de sus operaciones aéreas dentro y fuera del país.​​

Entre 2020 y 2021 se ejecutaron obras de modernización de la terminal, que incluyeron la construcción de una nueva terminal internacional de pasajeros de 5.630 metros cuadrados, junto con sus respectivas zonas de urbanismo, vías de acceso y parqueaderos, además del mantenimiento de la pista y la plataforma.​ Ese mismo año fue inaugurada la doble calzada de la vía de acceso entre el aeropuerto y la ciudad de Armenia, por la cual transitan diariamente cerca de 12.000 vehículos.​

Se espera la llegada de la aerolínea chilena de bajo costo JestMart.

Las gestiones de promoción turística adelantadas por la Alcaldía de Armenia y la Gobernación del Quindío han sido determinantes para dinamizar la conectividad aérea de la región.